Fue desarrollado por Alfred Vail  mientras colaboraba en 1834  con Samuel Morse en la invención del telégrafo eléctronico. Vail creó un método según el cual cada letra o número era transmitido de forma individual con un código consistente en rayas y puntos, es decir, señales telegráficas que se diferencian en el tiempo de duración de la señal activa. La duración del punto es la mínima posible. Una raya tiene una duración de aproximadamente tres veces la del punto. Entre cada par de símbolos  de una misma letra existe una ausencia de señal con duración aproximada a la de un punto. Entre las letras de una misma palabra, la ausencia es de aproximadamente tres puntos. Para la separación de palabras transmitidas el tiempo es de aproximadamente tres veces el de la raya. Morse reconoció la idoneidad de este sistema y lo patentó  junto con el telégrafo eléctronico. Fue conocido como «American Morse Code» y fue utilizado en la primera transmisión por telégrafo.

En sus comienzos, el alfabeto Morse se empleó en las líneas telegráficas mediante los tendidos de cable que se fueron instalando. Más tarde, se utilizó también en las transmisiones por   radio, sobre todo en el mar y en el aire,  hasta que surgieron las emisoras y los receptores de radiodifusión mediante voz.

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En la actualidad, el alfabeto Morse tiene aplicación casi exclusiva en el ámbito de los radioaficionados, y aunque fue exigido frecuentemente su conocimiento para la obtención de la licencia de radioperador aficionado hasta el año 2005, posteriormente, los organismos que conceden esa licencia en todos los países están invitados a dispensar del examen de telegrafía a los candidatos.

También se utiliza en la aviación instrumental para sintonizar las estaciones VOR, ILS  y NDB. En las cartas de navegación está indicada la frecuencia junto con una señal Morse que sirve, mediante radio, para confirmar que ha sido sintonizada correctamente.